生物信息学 第四版 本书是作者自1998 出版《生物信息 国外农业科技新书评介2020 年第1 期 5 生物科学 学》书籍的第四版。二十多年来，生物信 息学作为一个新兴交叉学科飞速发展，研 究尺度已从单个分子到分子互作网络再到 复杂系统，研究理论及方法与工具也层出 不穷。未来随着大数据时代的到来，生物 信息学可能会成为生物学家的一个基本工 具，就像是操作实验室的移液器一样使用 生物信息学工具。本书作为原书的第四版， 包涵了生物信息学中的众多领域，从基本 概念、基础理论再到分析方法与工具等均 做了详细的介绍。 全书共有18 章。第1 章，生物序列 数据库，介绍了常用的、高质量的核酸和 蛋白质序列数据库，并对这些数据库的数 据格式作了详细的说明。第2 章，生物数 据库中信息的获取，包括如何从数据库 中查询、分析及下载数据库的数据信息。 第3 章，评估两序列间的相似性，重点介 绍了生物信息学的重要基石之一（双序列 比对）的原理，以及两个重要的计算工具 BLAST 和FASTA。第4 章，基因组浏览 器，主要介绍了UCSC 和Ensembl 基因组 浏览器的使用方法。第5 章，基因组注释， 包括功能元件从头注释的原理、注释效果 评估，以及常用的基因组注释流程等。第 6 章，基于RNA 序列的预测方法，主要 介绍RNA 二级结构预测的原理与方法。 第7 章，基于蛋白质序列的预测方法，包 括如何用蛋白质的序列来预测蛋白二级结 构、跨膜螺旋、不规则区域、蛋白质功能 及蛋白互作位点等方法。第8 章，多序列 比对，包括多序列比对的原理、比对质量 评估方法以及常用比对与可视化软件等。 第9 章，分子进化分析，包括进化分析的 原理，以及如何构建进化树。第10 章， 表达谱分析，通过实例一步一步的指导如 何进行基因的表达谱分析。第11 章，蛋 白质组与基于质谱的蛋白鉴定，介绍了蛋 白质组以及质谱分析的基本原理，以及如 何基于这些技术对蛋白质进行分子鉴定。 第12 章，蛋白质结构预测与分析，介绍 如何通过实验和计算的方法获取蛋白质的 高级结构，以及高级结构的合理性分析等。 第13 章，生物互作网络与途径，介绍了 如何通过实验与计算来获取生物体内的分 子互作网络，以及一些常用分子互作数据 库。第14 章，代谢组学，介绍了常用代 谢组研究的数据库、分析方法与工具等。 第15 章，群体遗传学，介绍了群体遗传 分析的基本概念、方法以及一些常用的软 件。第16 章，宏基因组与微生物群体分析， 介绍了宏基因组分析的基本流程以及微生 物多样性分析的方法等。第17 章，翻译 生物信息学，介绍了翻译生物学的一些基 础概念以及相关活跃的研究领域。第18 章，生物学家的统计方法，介绍一些常用 的用于分析生物数据的统计方法。 总之，第四版《生物信息学》是一本 专门介绍生物信息学的专业书籍，在书中 介绍了众多的免费生物信息学工具和使用 教程，并且该书还附录了大量的生物信息 学的相关网站和数据库，非常值得从事生 物信息学以及分子生物学的研究人员、技 术人员和学生阅读。 田健，研究员 ( 中国农业科学院生物技术研究所) Tian Jian, Professor (Biotechnology Research Institute, CAAS)