This thorough overview explores automated genome analysis and annotation from its origins to the challenges of next-generation sequencing data analysis. It explains how current analysis strategies were developed, including sequencing strategies, statistical models, and early annotation systems. The authors then present visualization techniques for displaying integrated results as well as state-of-the-art annotation tools, including MAGPIE, Ensembl, Bluejay, and Galaxy. They also discuss the pipelines for the analysis and annotation of complex, next-generation DNA sequencing data. MAGPIE and Bluejay are available on a CD-ROM.

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