List of figures; List of tables; Acknowledgments; Preface; 1. Introduction; 2. Introduction to biochemical kinetics; 3. Review of linear differential equations; 4. Introduction to nondimensionalization and scaling; 5. Qualitative behavior of simple differential equation models; 6. Developing a model from the ground up: case study of the spread of an infection; 7. Phase plane analysis; 8. Quasi steady state and enzyme-mediated biochemical kinetics; 9. Multiple sub-unit enzymes and proteins: cooperativity; 10. Dynamic behavior of neuronal membranes; 11. Excitable systems and the FitzHugh–Nagumo equations; 12. Biochemical modules; 13. Discrete networks of genes and cells; 14. For further study; 15. Extended exercises and projects; Appendix A. The Taylor approximation and Taylor series; Appendix B. Complex numbers; Appendix C. A review of basic theory of electricity; Appendix D. Proofs of Boolean algebra rules; Appendix E. XPP files for models in this book; Bibliography; Index.

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